Спенсер стоит на позиции примирения науки и религии. С одной стороны он признаёт неизбежность и очевидную полезность науки, а с другой осознает её пределы, сравнивая развитие науки с надуванием шара: "всякое увеличение его поверхности лишь увеличивает размер его соприкосновения с окружающим незнанием". Отсюда он приходит к позиции релятивизма. Вместе с тем он решительно критикует взгляд, будто религия - это выдумка жрецов. Предметом религии Спенсер называет "нечто находящееся за пределами опыта", а именно силу, вызывающую всю совокупность движения в нашем мире. Ни одна религия не является для него предпочтительной, но все в той или иной мере выражают истину непознаваемого.